Все годы существования Калининградской области в ней жили и работали, проходили службу потомки казаков. Их объединение не было насущной задачей до начала прошедшего десятилетия. Однако уже в конце 80-х проблема безопасности и защиты интересов России в нашем регионе стала серьезной. В этих условиях офицеры-казаки и офицеры-патриоты оказались тем ядром, вокруг которого и стали собираться казаки Калининграда и области, поставившие своей задачей охрану и защиту интересов России в Прибалтике.
Значительную помощь в разъяснительной работе офицеров из числа потомственных казаков оказал в то время созданный донским казаком, калининградским певцом и композитором А.А. Мелиховым ансамбль «Станица», начавший выступать с казачьими песнями в городах и поселках области.
В 1990 году казаки осознали необходимость создания единой казачьей организации области и собрались на организационный Круг казаков Балтики. Инициаторами объединения и первыми организаторами были казаки А.А.Мелихов, В.А.Стучилин, В.Е.Ищенко, В.А.Поликанов.
На круге приняли решение о создании Балтийского союза казаков и избрали его руководящие органы. Но единства не получилось. Атаманские амбиции одних, оскорбленное самолюбие других, расхождение во взглядах о пути развития казачьего движения привели к расколу еще не сформировавшегося казачьего общества. Поэтому в 1992 году почти одновременно были зарегистрированы «Балтийская станица» – объединение казаков Калининградской области – и «Союз казаков». Все годы до объединения атаманом «Балтийского Союза казаков» был Л.А.Локтионов.
Объединение казаков «Балтийская станица» первоначально состоял из казаков Калининграда. Первым атаманом «Станицы» был избран В.Е.Богатырев, который затем, в связи с истечением срока полномочий, передал бразды управления новому атаману – В.А.Нагаеву.
В обеих организациях шла активная работа по расширению их состава. И некоторые атаманы вновь создаваемых в области хуторов и станиц переходили из одной казачьей общины в другую, что создавало повод для углубления раскола.
Но попытки объединения не прекращались. 16 ноября 1994 года в гарнизонном Доме офицеров прошел совместный совет атаманов. Переступив через обиды, атаманы приняли решение «Объединяемся!». Собралось и большое атаманское правление, на котором в присутствии епископа Балтийского Пантелеймона и атамана Западного казачьего округа А.И.Культяпкина в Крестовоздвиженском соборе Калининграда 16 и 17 декабря 1994 года решили создать совет атаманов при администрации области и не его основе объединить деятельность всех казачьих общин. А в области уже было создано и зарегистрировано несколько казачьих объединений. Но опять взыграли атаманские амбиции, но казаки понимали, что нам казакам делить нечего.
В целях улучшения работы с казаками в Калининграде «Балтийская станица», как объединение казаков области, была 1996 году реорганизована в Балтийский отдел Западного казачьего округа Союза казаков России и атаманом отдела избрали В.Г.Макарова, а имя «Балтийская станица» решением Большого Круга отдела передано городскому объединению казаков, которое зарегистрировано 28 ноября 1996 года и освящено епископом Балтийским Пантелеймоном в Свято-Никольском соборе. Атаманом «Балтийской станицы» – объединение казаков города Калининграда – был избран В.В.Томчук.
В 1997 году совет атаманов, при активном участии и поддержке казачества мероприятия. Так, в июне прошел Большой Круг Балтийского отдела Западного казачьего круга, на котором атаманом Балтийского ЗКО был избран В.В.Томчук, а на следующий день провели большой сход казаков области в гор.Гусеве. На сходе постановили подготовить и провести объединительный Круг казачьих обществ в области.
25 октября 1997 года во Дворце культуры рыбаков состоялся Большой объединительный Круг казаков Балтики. Круг шел бурно и были откровенные попытки, несмотря на обращение священников быть благоразумными, сорвать его. Но есаулец Круга В.Е.Богатырев, вел Круг жестко к единственной цели – объединению – и привел! Был создан единый «Балтийский казачий союз Калининградской области». Почетным атаманом «Союза» был избран губернатор области Л.П.Горбенко, а атаманом – Л.А.Локтионов.
На Круге было принято историческое решение: считать все казачьи общества кроме вновь созданного, самоликвидированными; любая другая казачья организация, провозгласившая себя областной, после завершения данного Круга будет считаться раскольнической и антиказачьей.
Отдельные казачьи лидеры и активисты посчитали объединение своей победой и стали открыто торжествовать, а другие наоборот, обиделись. В это время выделилась и взяла инициативу в свои руки новая, более молодая волна казачьих лидеров, стоящих на позиции вхождения общества в государственный реестр и принятия на себя обязательств по несению государственной службы. С этим не согласны отдельные члены атаманского правления в частности и атаман Локтионов Л.А, который был убежденным сторонником развития казачьего общества, как общественной организации и поэтому сложил с себя полномочия атамана БКС и назначил до Большого Круга, наказным атаманом С.А.Полоусова. Был взят курс на прохождение государственной регистрации и включение БКС КО в государственный реестр казачьих обществ. Курс оказался верным, что подтвердилось 19 сентября 1999 года, когда казаки на Большом Круге избрали атаманом Полоусова, утвердили названия казачьего объединения (Балтийский Отдельный казачий «Округ» – Балтийский казачий союз Калининградской области) утвердили разработанный Правлением Устав БОКО и приняли решение о вхождении в государственный реестр казачьих обществ Российской Федерации. Этот Круг был знаменателен еще и тем, что на нем присутствовал митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл.
Работу по развитию экономической базы казачества и по оформлению документов государственной регистрации оценил внеочередной Большой Круг БОКО, проведенный 27 февраля 1999 года. На нем присутствовал начальник Управления Президента РФ по вопросам казачества генерал армии П.С.Дейнекин, зачитавший под одобрительные выкрики «Любо» решение №4 от 20 февраля 1999 года «О внесении в государственный реестр казачьих обществ в Российской Федерации Балтийского Отдельного казачьего Округа под реестровым наименованием «Балтийское казачье общество».
Нас признали. И мы, Балтийцы, не забываем, что большую организационную помощь в становлении нам оказали казаки Терского казачьего Войска, Смоленской и Ленинградской областей, Союз казаков России.
В 2007 году был закреплен юридический статус отдельного округа и нового наименования - окружное казачье общество "Балтийский отдельный казачий Округ - Балтийский союз Калининградской области". В 2014 году, после реорганизации ОКО "БОКО-БКС", атаманом ОКО "БОКО-БКС" избран Буга Максим Анатольевич. Округ вступил в государственный реестр казачьих обществ Российской Федерации в декабре 2018 года.
В ноябре 2021 года, на первом Большом Круге Всеросийского казачьего общества, окружное казачье общество "Балтийский отдельный казачий Округ - Балтийский союз Калининградской области" было принято в состав ВсКО.
В ноябре 2022 года атаманом ОКО "БОКО-БКС" избран, есаул Михаил Михайлович Дударев.
